John Nelson estudió en la Juilliard School de Nueva York, donde obtuvo el premio de dirección Irving Berlin. Ha sido Director Musical de la Sinfónica de Indianapolis, el Teatro de la Ópera de San Luis, del Caramoor Music Festival en Nueva York y de la Orquesta de Cámara de París; también ha sido Principal Director Invitado de la Orquesta Nacional de Lyon, Consejero Artístico de las orquestas de Nashville y Louisville, y actualmente es el Principal Director Invitado de las Orquesta Nacional de Costa Rica, país donde nació.

En Estados Unidos y en Canadá ha dirigido a la mayoría de orquestas, incluyendo las de Nueva York, Chicago, Filadelfia, Cleveland, Boston, Los Ángeles, San Francisco, Montreal y Toronto; En Europa, la mayoría de las orquestas de España y Gran Bretaña, así como la Dresden Staatskapelle, Leipzig Gewandhaus, Orquesta de Cámara de Europa, Academy of St. Martin in the Fields, Orquesta de París, Filarmónica de Oslo, y la Orquesta del Festival de Budapest; En Asia ha dirigido a la Filarmónica New Japan, Sinfónica de Singapur, Filarmónica de Malasia, Filarmónica de Hong Kong, Filarmónica de China y de las orquestas de Shanghái y Guangzhou. Esta temporada dirige la Sinfónica de Montreal, Filarmónica de Estrasburgo, Sinfónica de Singapur, Sinfónica de Guangzhou, Filarmónica de Oxford, Sinfónica Silicon Valley, y Sinfónica de Hawai; Regresa para dirigir la Sinfónica de Indianápolis, la Royal Philharmonic de Londres, Royal Liverpool, Filarmónica Checa y la Kio Sinfonietta de Tokio.

El extenso repertorio de Jonh Nelson le ha llevado a poder dirigir en los teatros de ópera más importantes del mundo incluyendo la Ópera del Metropolitan, Ópera Lírica de Chicago, La Bastilla en París, Ópera de Stuttgart, el Gran Teatro en Génova, Ópera de los Países Bajos y el Teatro de la Ópera en Roma; Esta temporada dirige Don Giovanni en la Ópera de Santa Fe, y hará su debut en la Ópera de Frankfurt con Los Troyanos de Berlioz, que grabará seguidamente para Warner Classics con Joyce DiDonato y la Filarmónica de Estrasburgo, una grabación que se añade a su distinguida discografía que incluye Semele de Handel (Premio Grammy 1993), Béatrice et Bénédict de Berlioz (Diapason d’Or 1992), DVDs de la Misa en Si menor de Bach y la Pasión de San Mateo, La Creación de Haydn y la Misa Solemne de Beethoven; También ha grabado la integral de conciertos para piano y las sinfonías de Beethoven con la Orquesta de Cámara de París, de la cuál es Director Musical Honorario.

Es el Director Artístico y cofundador de SOLI DEO GLORIA, una organización con base en Chicago que ha encargado obras de música sacra a compositores como Christopher Rouse, James MacMillan and Roxanna Panufnik.